C'est alors que Fernando trouve la solution : il faut déclencher une alerte générale afin que les matons quittent leur bâtiment. Michael s'arrange alors pour couper la climatisation afin de révolter les détenus. De retour de l'infirmerie, T-Bag, bien décidé à reprendre sa place, prend la tête de la rébellion...
L'alerte générale étant déclenchée, Sucre et Scofield peuvent tranquillement faire avancer leur plan d'évasion. Il leur faut en effet détruire un mur qui dissimule le tunnel menant à l'infirmerie. Malheureusement pour eux, T-Bag découvre le trou dans leur cellule et menace de répandre la nouvelle auprès des autres détenus à moins qu'il ne fasse partie de l'évasion. Reste le cas de Bob, un gardien pris en otage par T-Bag, qui est maintenant témoin du plan de fuite...
De son côté, Veronica prend ses distances avec Nick qui lui reproche d'être paranoïaque. Mais ce dernier s'entête et découvre que le témoin de la prétendue culpabilité de Lincoln a téléphoné depuis Washington pour faire part de ce qu'il avait vu. Une incohérence de plus dans le dossier puisque le meurtre a eu lieu dans une autre ville. Alors qu'à l'extérieur, les agents Hale et Kellerman s'arrangent pour qu'un prisonnier règle son compte à Burrows, les deux avocats partent pour la capitale afin d'enquêter...
Le docteur Tancredi, de plus en plus séduite par Michael, lui propose de faire coïncider ses visites à l'infirmerie avec celle de son frère. Plus tard, l'émeute prend de l'ampleur et les détenus parviennent à infiltrer l'infirmerie. Michael, qui s'aperçoit de la situation sur une vidéo surveillance, décide de porter secours à Sara. Acculée, celle-ci ne peut que se retrancher dans son bureau et espérer que la porte tienne le coup...