Cela fait maintenant trois semaines que Michael est à Fox River. Il peut désormais sortir par le trou de sa cellule et librement circuler dans le réseau souterrain de la prison. Mais une nouvelle épreuve l'attend dans sa tentative d'évasion. Il faut impérativement que lui et ses compagnons aient accès à la salle de pause des gardiens. En effet, sous le sol de cette ancienne réserve passe la légendaire Route 66. Un axe qu'ils comptent bien emprunter une fois sortie de prison. John propose alors de déclencher un incendie dans la salle afin que tous soient désignés pour la rénover par la suite. Seul problème : il n'y a que Westmoreland qui, compte tenu de son dossier exemplaire, est autorisé à s'y rendre.
De leurs côtés, le directeur et Bellick sont bien déterminés à trouver le coupable du meurtre de Bob. L'ambitieux capitaine, qui sait que Westmoreland a été témoin de la scène de l'assassinat, fait pression sur le doyen de la prison afin de connaître la vérité. Face au mutisme de celui-ci, Bellick décide de tuer son chat. Furieux, Westmoreland vient en aide à Michael en déclenchant un incendie dans la salle de pause. L'équipe de Michael, choisie pour remettre les lieux en état, peut donc creuser le sol afin de rejoindre la Route 66. Même si le chef des gardiens piétine dans son enquête, T-Bag s'inquiète et demande à un autre détenu d'endosser la responsabilité du meurtre. Ce dernier refuse mais le psychopathe parvient à le faire accuser à sa place en plaçant une preuve accablante dans sa cellule...
Suite à la menace de mort qu'ils ont reçu, Nick tente vainement de rassurer Veronica. D'autant que ceux-ci échappent in extremis à une explosion lorsque l'avocate ouvre la porte de son appartement. Alors qu'ils en sortent miraculeusement indemnes, Nick propose de se réfugier dans une planque qu'il connaît...
A Fox River, L J rend visite à son père et le dialogue passe enfin. Lincoln lui demande alors de croire en son innocence et de garder espoir. Plus tard, une mystérieuse femme qui se fait passer pour une journaliste, apprend à Burrows que LJ mourra s'il persiste à s'opposer à sa condamnation. Des menaces bientôt mises à exécution. En effet, les agents Hale et Kellerman tuent la mère et le beau-père de Lincoln Juniros en prenant soin de placer ses empreintes sur l'arme du crime. Néanmoins, le jeune homme est parvenu à prendre la fuite avec une photo de Kellerman en train de le menacer de son arme...
Sara, remise de ses émotions, a repris son service et ne peut s'empêcher d'interroger Michael sur ses connaissances à propos des faux plafonds de Fox River. Alors qu'elle se plonge dans son dossier pour en savoir plus, elle découvre un profil, aussi bien personnel que professionnel, des plus troublant...
Le complot dirigé contre Burrows prend une dimension politique et désormais, le lien entre les agents secrets et la vice-présidente est établis.